Taman Kanak-Kanak Santo Yoseph Denpasar didirikan pada tanggal 1 Agustus 1959 dengan akte Notaris Ida Bagus Ketut Rurus, pada tanggal 15 Mei 1958. Taman Kanak-Kanak yang berada di wilayah keuskupan Denpasar ini pada mulanya bernama TK Swastiastu I Denpasar beralamat di jalan P.B. Sudirman Denpasar.

Tujuan didirikan sekolah Taman Kanak-kanak Swastiastu I Denpasar adalah untuk pengembangan terhadap masyarakat dan pembinaan anak-anak di Denpasar dan sekitarnya.

Pada tahun 2000 terjadi perubahan nama yayasan. Semula bernama Yayasan Swastiastu, kemudian menjadi Yayasan Insan Mandiri.Selanjutnya semua unit sekolah dengan nama belakang Swastiastu berubah menjadi Santo Yoseph untuk lingkungan sekolah di Denpasar,sedangkan untuk wilayah selain Denpasar menyesuaikan. Demikian TK Swastiastu I berubah menjadai TK Santo Yoseph.

Sejak berdirinya Tk Santo Yoseph, ada beberapa kepala sekolah yang pernah menjabat, yakni:

  1. Sr. M. Gerardine, OSF (tahun 1966 – 1973)
  2. Sr. M. Eligia, OSF (tahun 1970 – 1978)
  3. Sr. M. Valeri, OSF (tahun 1978 – 1985)
  4. Sr. M. Damiana, OSF (tahun 1985 – 1989)
  5. Sr. M. Goretti, OSF (tahun 1989 – 1992)
  6. Sr. M. Anastasia,OSF (tahun 1992 – 1997)
  7. Sr. M. Claudia, OSF (tahun 1997 – 2000)
  8. Sr. M. Franceline, OSF (tahun 2000 – 2003)
  9. Sr. M. Angelina, OSF (tahun 2003 – 2008)
  10. Sr. M. Luciani, OSF (tahun 2008 – 2012)
  11. Sr. M. Damiana, OSF (tahun 2012 – 2016)
  12. Sr. M. Raymunda, OSF (tahun 2016 – sekarang)